Хімічний склад вод Пруту формується в басейнах гірської країни – Українських Карпат, на рівнинних та передгірських ділянках річок. Він змінюється під впливом діяльності людини, а саме антропогенних факторів. Також хімічний склад поверхневих вод має часові тренди, що визначаються змінами кліматичних умов та рівнем антропогенного навантаження на водозбірні басейни.